Die Schulkonferenz ist das wichtigste Mitbestimmungsgremium der Schule. Hier beraten die gewählten Vertreterinnen und Vertreter der Schüler-, Elternschaft und Lehrerschaft (je 6 Personen) über die zentralen Angelegenheiten der Schule.

Der Vorsitz liegt bei der Schulleiterin, Vertreter/innen des Schulträgers (also der Stadt Herne) können an den Sitzungen der Schulkonferenz teilnehmen. Die Aufgaben der Schulkonferenz, die an der Mont-Cenis-Gesamtschule in der Regel zweimal pro Halbjahr tagt, sind im Schulgesetz festgelegt (§ 65). Hierzu gehören etwa die Wahl der Schulleitung, die Festlegung des Schulprogramms, die Entscheidung über wichtige Rahmenbedingungen des Lehrens und Lernens (z. B. Einrichtung von Ganztagen etc.), die Genehmigung des Schuletats usw.